0. Lo mismo, pero diferente
Hay que partir del hecho de que Ubuntu se basa en Debian, y que las dos distribuciones comparten muchos paquetes y tienen mucho trabajo en común. Pero aún así, las dos distribuciones son distintas.
Ubuntu saca versiones cada seis meses, Debian cuando le place. Ubuntu tiene repositorios para la versión estable (actual), una antigua y la futura versión, Debian tiene cuatro ramas de repositorios: estable, testing, unstable y experimental (van de mayor a menor estabilidad, siendo experimental realizada para desarrolladores).
1. Dos visiones diferentes
Se podría decir que cada distribución tiene su visión, mientras Ubuntu se centra en facilitar al máximo todo para que el usuario esté feliz (algo así como un out of the box), Debian intenta centrarse en que su versión estable sea eso estable, sin ningún tipo de fallos y que las actualizaciones que lleguen estén más que probadas, normalmente se dice que la rama estable de Debian está destinada únicamente a servidores en producción (para los no informáticos, servidores que están y deben estar funcionando todo el día).
2. Instalación
Ubuntu te instala una serie de programas a discreción, sin que tú puedas elegir cual quieres o no. También tiene algún problema en que hay algunos programas que “no puedes” desinstalar porque quitarían un metapaquete de Ubuntu para el control de versiones.
Debian tiene varios tipos de instalación, desde una básica (consola y listo) hasta una mediante DVD en la cual puedes instalar un huevazo de cosas, en este caso lo bueno (o malo) es que puedes elegir que quieres instalar.
3. Programas
Ubuntu ofrece un repositorio muy amplio, pero con el inconveniente de que no meterá más que actualizaciones de las versiones de los programas diseñados para la versión de dicho repositorio, lo que equivale a decir que si decidieron usar la versión X de un programa nunca tendrás la versión X+1 de dicho programa, a no ser que la encuentres por ahí (extraoficialmente) o cambies de versión de Ubuntu.
Debian ofrece varios repositorios (como ya comenté), lo más normal para un usuario de escritorio, es usar el repositorio testing, que tiene paquetes bastante nuevos aunque alguna vez tengan pequeños fallos. Lo bueno es que aquí te ligas a una rama de desarrollo y no tienes que estar cambiando el nombre del repositorio cada vez que saquen una distribución nueva, ya que aquí no hay distribuciones.
4. GNOME en Debian
Yo soy usuario de GNOME, y en Debian hay un pequeño problema con este escritorio. Resulta que por algún motivo el equipo que mantenía los paquetes de GNOME, se disolvió o dejó de hacer su trabajo en la versión 2.14 y se quedó sin actualizar durante un tiempo, hasta que un nuevo equipo surgió y empezó a crear paquetes para las nuevas versiones, actualmente en la rama unstable está la vesión 2.20 de GNOME y en testing cada poco tiempo van llegando más y más paquetes de dicha versión.
Tal vez es una comparación un poco absurda para un usuario avanzado en el mundo Linux, pero la mayoría de los usuarios que recién comienzan se han hecho esta pregunta al menos una vez cuando decidieron migrar a Linux.
